质谱分析抗体蛋白序列|麦芽糖结合蛋白抗体2018-12-19

在抗体药物分子的研究和开发过程中，确定抗体的序列是一个必不可少的步骤。质谱技术已经发展到使它们成为序列分析的首选。本文介绍了为此目的经常选择的三种技术，即:

尽管完整的质量分析和肽图绘制需要预先知道抗体的氨基酸序列，但是第三种技术允许直接使用LC - MS / MS数据进行测序。

完整质量分析是一种测量完整抗体蛋白分子量的技术，可以是天然形式，也可以是在分子被还原后单独测定重链和轻链。也可以测量抗体片段，例如Fab或VH + CH1。

通过以这种方式找到完整的物质来确认蛋白质抗体的初级序列的确定。然而，这不允许序列中的变异-例如亮氨酸/异亮氨酸突变或氨基酸交换-被验证。该技术的另一个用途是帮助评估已经表达的糖基化形式的相对比例，因为这些修饰形式通常由糖残基赋予免疫原性或生物活性。

下面的图像描述了该过程，该图像显示了具有高电荷包络的目标蛋白B和相关的去卷积谱C :

肽图谱技术是利用质谱技术对蛋白质消化后得到的肽进行检测。它基于比较，主要用于验证蛋白质的身份。所述要求是参考序列、参考标准或参考材料形式的参考，其可以与感兴趣的肽匹配以获得相似性或同一性程度。

一个特别重要的用途是鉴别两种或多种液相色谱样品或条件之间的差异。另一种是使用已知序列验证靶蛋白的序列，而第三种是发现点突变。它基于比完整质量分析更多的信息，并相应地产生更可靠的结果。它不适合检测难以找到的突变，例如氨基酸交换。

下面的第二幅图像描述了通过将肽映射到已经确定的蛋白质序列来验证序列信息。

蛋白质从头测序技术是指在不需要事先知道蛋白质序列的情况下，直接利用质谱技术确定抗体蛋白质序列。使用高质量准确度仪器来测量肽，并从重叠肽和片段离子信息导出蛋白质序列。

蛋白质从头测序的基础是产生从头肽序列并精确评分单个氨基酸的从头肽算法。这对于确定抗体的CDR (互补决定区)具有重要价值，其中轻链和重链上有六个互补决定区。

这些是高度可变的区域，并且负责免疫系统功能所基于的多样性。然而，这种相同的可变性将不可靠性引入这些区域的序列的每个已知数据库中。

下图显示了rapid Novor的抗体测序软件如何识别从头测序的蛋白质中的肽。粗体标题显示了通过MS / MS片段离子峰验证的氨基酸。重叠的肽是抗体中每个氨基酸已被正确鉴定的集体验证。

虽然三种技术各有不同的用途，但从第一种到第三种进行实验和分析数据变得更加复杂。这当然意味着专业水平和成本也在上升。

然而，如果主要序列是众所周知的，并且主要目的是防止序列中可能导致蛋白质完整质量显著变化或某些肽的质量或保留时间变化的变化的发生，完整质量分析和肽图谱可能是优选的选择，因为它们不仅便宜而且产生更快的结果。然而，如果要绝对可靠地测定每个氨基酸，蛋白质从头测序就成为选择的工具。

rapid Novor公司是全球抗体蛋白测序技术的领导者。该团队专门从事质谱蛋白质组学领域，开发了无需进入生产细胞系即可直接测序抗体蛋白的技术。

作为滑铁卢大学的副产品，该公司正根据联合创始人兼首席科学家马斌博士二十年的科学研究和发明，建立其技术组合。该公司的REmAb抗体蛋白测序服务允许定期对任何给定抗体蛋白进行精确测序。该公司的野生服务是第一个利用质谱技术准确区分异构异亮氨酸和亮氨酸的商业服务。

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