微生物细胞是指个体微小、结构简单的生物细胞，通常需要借助显微镜才能观察到。它们包括原核细胞和真核细胞两大类。原核细胞没有细胞核和有膜细胞器，主要由细菌、古生菌组成，其基因组通常为环状DNA。真核细胞具有细胞核和多种有膜细胞器，包括真菌、原生动物和部分藻类。微生物细胞的特点是体积小、比表面积大、生长快、分布广泛。
一、微生物细胞大小的测定
1、目镜测微尺的校正
把目镜的上透镜旋下，将目镜测微尺的刻度朝下轻轻地装入目镜的隔板上，把镜台测微尺置于载物台上，刻度朝上。先用低倍镜观察，对准焦距，视野中看清镜台测微尺的刻度后，转动目镜，使目镜测微尽与镜台测微尺的刻度平行，移动推动器，使两尺重迭，再使两尺的“0”刻度完全重合，定位后，仔细寻找两尺第二个完全重合的刻度，计数两重合刻度之间目镜测微尺的格数和镜台测微尺的格数。因为镜台测微尺的刻度每格长10µm，所以由下列公式可以算出目镜测微尺每格所代表的实际长度。
目镜测微尺每格长度：
例如：目镜测微尺5小格正好与镜台测微尺5小格重迭，已知镜台测微尺每小格为10µm
目镜测微尺上每小格长度为。
用同样方法分别校正在高倍镜下和油镜下目镜测微尺每小格所代表的长度。
由于不同显微镜及附件的放大倍数不同，因此校正目镜测微尺必须针对特定的显微镜和附件（特定的物镜、目镜、镜筒长度）进行，而且只能在该显微镜上重复使用，当更换不同显微镜目镜或物镜时，必须重新校正目镜测微尺每一格所代表的长度。刻度重合
2、细胞大小的测定
⑴将酵母菌斜面制成一定浓度的菌悬液（10－2）。
⑵取一滴酵母菌菌悬液制成水浸片。
⑶移去镜台测微尺，换上酵母菌水浸片，先在低倍镜下找到目的物，然后在高倍镜下用目镜测微尺来测量酵母菌菌体的长，宽各占几格，不足一格的部分估计到小数点后一位数。测出的格数乘上目镜测微尺每格的校正值，即等于该菌的长和宽。一般测量菌体的大小要在同一个标本片上测定10～20个菌体，求出平均值，才能代表该菌的大小。待测微生物需用培养至对数生长期的菌体进行测定。
⑷同样方法用油镜测定枯草杆菌染色标本的细胞大小。
二、微生物细胞的显微直接计数法
1、视待测菌悬液浓度，加无菌水适量稀释（斜面一般稀释到10－2），以每小格的菌数可数为度。
2、取洁净的血球计数板一块，在计数区上盖上一块盖玻片。
3、将酵母菌悬液摇匀，用滴管吸取少许，从计数板中间平台两侧的沟槽内沿盖玻片的下边缘滴入一小滴，不宜过多，让菌悬液利用液体的表面张力充满计数区，勿使气泡产生，并用吸水纸吸去沟槽中流出的多余菌悬液。也可以将菌悬液直接滴加在计数区上，注意不要使计数区两边平台沾上菌悬液，以免加盖盖玻片后，造成计数区深度的升高。然后加盖盖玻片，勿使产生气泡。
4、静置片刻，将血球计数板置载物台上夹稳，先在低倍镜下观察到计数区后，再转换高倍镜观察并计数。由于活细胞的折光率和水的折光率相近，观察时应适当关小孔径光阑并减弱光照的强度。
5、计数时若计数区是由16个大方格组成，按对角线方位，数左上、左下、右上、右下的4个大方格（即100小格）的菌数。如果是25个大方格组成的计数区，除数上述四个大方格外，还需数中央1个大方格的菌数（即80个小格）。如菌体位于大方格的双线上，计数时则数上线不数下线，数左线不数右线，以减少误差。
6、对于出芽的酵母菌，芽体达到母细胞大小一半时，即可作为两个菌体计算。每个样品重复计数2～3次，每次数值不应相差过大，否则应重新操作，求出每一个小格中细胞平均数（N），按公式计算出每mL(g)菌悬液所含酵母菌细胞数量。
7、测数完毕，取下盖玻片，用水将血球计数板冲洗干净，切勿用硬物洗刷或抹擦，以免损坏网格刻度。洗净后自行晾干或用吹风机吹干，放入盒内保存。
