梯度PCR是将多个的PCR反应放在一起做，不用一次一次的作很多次，温度梯度PCR可以很快的找出最适合的退火温度，或者说可以在最适合的退火温度下扩增出目的条带 。梯度PCR仪除具标准PCR仪功能外，其梯度模块还能同时进行多个不同退火温度的PCR反应，在梯度模块上，可实现对梯度温度和梯度宽度等参数的调整，自由编程温度，梯度实现不同样品的退火温度并同时进行热循环。仅一次实验就能确定特定体系相应的最优退火温度。从而可在短时间内对PCR实验进行优化，大大提高PCR科研效率。
1、打开PCR仪，再找到一个普通PCR程序，以备改动（也可以自行重新编辑）。
2、按enter键打开PCR普通程序，按”编辑“进入程序编辑状态，按“Tab”键将编辑区域调节至右侧选择是否进行梯度PCR选项，选择“是”。
3、选择梯度PCR后按Tab键回到左边程序，点击下一步进行编辑，此时可看到整个程序界面，找到退火温度，在下方“±0.00”℃的地方输入你想进行的梯度区间，例如61±5℃。
4、编辑好后保存按ESC返回主界面，找到与程序菜单并列的梯度菜单，点击进入，将中心温度调至与刚刚设置的温度一致，例如上述的“61”，梯度则设置为±05，此时可看到每个PCR槽对应的温度，将准备好的PCR管放入对应的槽后记录对应的温度，然后打开设置的程序，点击“run”启动即可。
